Memutuskan untuk percaya pada Naruto, Nagato menggunakan Seni Gedo: jutsu Kelahiran Kembali Rinne, mengeluarkan chakra terakhirnya, dan dengan demikian memberikan nyawanya, untuk menghidupkan kembali setiap orang di desa yang tewas dalam serangan itu, dengan mengatakan bahwa setidaknya itulah yang bisa dia lakukan. Dengan kematian Nagato, Konan meninggalkan Akatsuki, membawa Nagato dan Alam Dewa Pain (yang sebenarnya adalah tubuh Yahiko) bersamanya, berpisah dengan Naruto yang mengatakan bahwa karena Nagato percaya padanya untuk mencapai kedamaian sejati, dia juga akan melakukannya. Saat Naruto kembali ke Konoha, dia terkejut menemukan seluruh desa menunggu kepulangannya, memuji dia sebagai pahlawan sejati. Setelah bertahun-tahun, Naruto akhirnya menerima pengakuan yang selalu dia inginkan.